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454GSFLX+System

发表时间: 2015-05-17 16:08:13

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454 GS FLX+ 是基于焦磷酸测序原理建立的高通量基因组测序系统,其主要应用的领域包括微生物群落多样性分析(16s, 18s, ITS)、复杂环境样品的宏基因组学研究等。


Roche 454 GS FLX+ 测序平台是罗氏旗下的454生命科学推出的最新升级版测序仪,该仪器的最大读长能够达到1000bp,测序准确性高达99.997%,达到了与Sanger相当的长度与准确性,并降低了测序成本,从而集一代sanger测序读长及质量优势与二代测序高通量特点于一身。


454 GS FLX+ 是基于焦磷酸测序(Pyrosequencing) 原理建立的高通量基因组测序系统,依靠生物发光进行DNA序列分析的技术:在多种酶的协同作用下,当碱基正确配对时,发生一个合成反应和一个化学发光反应的偶联,释放光信号。光信号实时被高灵敏度CCD捕获,最终达到测序的目的。基于454 GS FLX+ 较长读长的特点,其主要应用的领域包括:微生物群落多样性分析(16s, 18s, ITS)、复杂环境样品的宏基因组学研究、微生物基因组的de novo测序、转录组测序研究,此外还可应用于外显子测序、目标区域捕获、病原菌检测等研究。


性能参数

系统GS FLX+ System

  测序试剂

  GS FLX Titanium XL+

  GS FLX Titanium XLR70

  读长

  最大读长1,000bp

  Mode读长700bp

  最大读长600bp

  Mode读长450bp

  Reads/run

  ~1,000,000 Shotgun

  ~1,000,000 Shotgun

  ~700,000 amplicon

  读长参数

  85%read读长>500bp

  45%read 读长>700bp

  85%read读长>300bp

  20%read读长>500bp

  典型数据量/run

  700Mb

  450Mb

  一致性准确率

  99.997%

  99.995%

  周期

  23 h/run

  10h/run

  测序样品

  gDNA或者cDNA

  gDNA, cDNA, 或者amplicons

  (PCR products)

  样品混合测序

  MIDs( Multiplex Indetifiers ):132种

  分区:2, 4, 8, 16个


数据来自454官方网站。实际情况取决于不同的样品和基因组特点;一致性准确率来自大肠杆菌(E.coli)15× 覆盖度的数据。

                             

基因大肠杆菌(E.coli)全基因组测序


测序流程

应用方向

宏基因组测序

全基因组的de novo测序

转录组测序

扩增子测序

重测序


454GSFLX+System
454 GS FLX+ 是基于焦磷酸测序原理建立的高通量基因组测序系统,其主要应用的领域包括微生物群落多样性分析(16s, 18s, ITS)、复杂环境样品的宏基因组学研究等。
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